W latach dziewięćdziesiątych, po przejściu na gospodarkę wolnorynkową, ówczesne MZK do wnętrza Gdyni zaczęło posiadać problemy finansowe, czego skutkiem było szybkie zestarzenie się taboru. W 1992 roku rozpoczęto restrukturyzację firmy. Powołano Zarząd Komunikacji Miejskiej, i do wnętrza 1994 roku w środku wyniku likwidacji MZK powstało Przedsiębiorstwo Komunikacji Autobusowej także Trolejbusowej. W wyniku wprowadzonej reorganizacji znacznie poprawiła się propozycja przewozowa gdyńskich trolejbusów. Uruchomienie wewnątrz 1995 roku pętli trolejbusowej do wnętrza Gdyni Cisowej pospołu z trakcją na ul. Owsianej, tworzenie nowej linii 27 również zmiana tras linii 25 dodatkowo 30 zmieniły raczej podejście ludności do tego środka transportu. W tym samym roku trasy linii 22 oraz 27 przedłużono z Chyloni do Cisowej. 6 maja 1996 roku oddano do eksploatacji sieć trolejbusową do Pustek Cisowskich uruchamiając tym samym linię 28, która kursuje do dziś. Jednocześnie wydłużono trasy linii 22 dodatkowo 30 z Placu Kaszubskiego do Placu Konstytucji, natomiast kursy linii 24 przedłużono do Stoczni jak linię 23, zawieszając tym samym wskazanie 24. Kolejne podziały zakładów komunalnych zaowocowały powstaniem wewnątrz 1998 roku Przedsiębiorstwa Komunikacji Trolejbusowej. W momencie powstania firmy trolejbusy nie cieszyły się najlepszą opinią wśród mieszkańców w zasadzie ze względu na spowalnianie ruchu do wnętrza mieście. Przestarzałe urządzenia techniczne poprzedni przyczyną licznych przerw w środku ruchu oraz awarii. Spółka rozpoczęła natomiast sprawa sądowa wymiany taboru również unowocześniania dodatkowo rozbudowę sieci, co przyczyniło się do likwidacji większości wcześniejszych problemów (przykładem innowacji, które przyczyniły się do poprawy płynności ruchu trolejbusów jest wstęp nowoczesnych pojazdów również zwrotnic sterowanych drogą radiową). W dniu 6 grudnia 1999 roku uruchomiono linię 20 łączącą wewnątrz szczycie Plac Kaszubski z Cisową SKM również linię 27 wewnątrz relacji Karwiny „Euromarket” - Cisowa SKM. W 2001 roku uruchomiono pętlę pod Węźle Franciszki Cegielskiej.